Son dönemde orduya katılan Kafka Hibino’nun, yani Kaijuu No. 8’in, yakalanmasına yol açan büyük operasyonun ardından Savunma Kuvvetleri onunla nasıl başa çıkacağını bilememektedir. Kafka, insanlardan yana duran ilk kaijuu’dur ve uzun süren değerlendirmeler sonucunda, en güçlü birlik olan Birinci Tümen’e nakledilir. Amaç, her türlü tehdidi bertaraf edebilecek bu tümenin gücüne onun da katkı sağlamasıdır. Ancak hâlâ Kafka’ya şüpheyle yaklaşanlar vardır ve onun bir sonraki görevde kendini kanıtlaması gerekmektedir. Kafka ve Birinci Tümen, karınca benzeri devasa kaijuu sürüsü ortalığı kasıp kavurmaya başladığında hemen göreve gönderilir. Kafka’nın arkadaşı Kikoru Shinomiya ve kaptanları Gen Narumi’nin ortak gücü sayesinde operasyon planlandığı gibi ilerler. Ne var ki, Kafka kaijuu formuna dönüşmeyi başaramayınca korkunç Kaijuu No. 9 ortaya çıkar. Tek amacı, Kafka’yı yok etmek ve onun gücünü çalmaktır. Durum giderek umutsuz hale gelirken Kafka, hayallerinin peşinden koşmak—çocukluk arkadaşı ve Üçüncü Tümen kaptanı Mina Ashiro ile omuz omuza savaşmak—istiyorsa, bugüne kadarki en zorlu sınavını diğerleriyle birlikte aşmak zorundadır.